味噌は中国で生まれた、食材を塩で漬けて発酵させた「醤（ひしお）」や、大豆や雑穀と塩を合わせて発酵させた「豉（くき）」が起源だとされています。日本には朝鮮半島を経て伝わり、各地域で独自に発展しました。701年に完成した法典「大宝律令（たいほうりつりょう）」に、「未醤（みしょう）」という言葉で初めて登場。これが「みしょ」「みそ」と変化していったといわれています。

平安時代の日本の文献「延喜式（えんぎしき）」によると、当時は貴族の給与や贈答品として使われていたとあります。鎌倉時代には中国からの僧の影響ですり鉢が広まったことから、みそ汁が誕生したと考えられます。また、禅宗の質素倹約の食事である「一汁一菜」の形態は鎌倉武士にも食され、それまでの湯をかけた飯「湯漬け」から「汁かけ飯」へと進化し、定着しました。室町時代には大豆の生産量が増え、さらに諸国大名の滋養食として各地で発展し、農民にも庶民にも味噌が浸透。自家醸造も始まり、みそ汁以外の料理が生み出されたのもこの頃といえます。

米味噌は、大豆・米・塩・麹菌によってつくられます。まず米を蒸して麹菌をつけ、米麹をつくります。次に蒸した大豆をつぶし、米麹と塩を混ぜ合わせて仕込みます。その際に水分が少ないと発酵しにくく、水分が多いと発酵が進みやすくなるため、水を加えるなど調整が必要です。仕込み後には空気を抜きながら樽に詰め、フタをして重しをのせ、適度な温度管理のもとで発酵・熟成させます。樽の中では麹菌が生み出す酵素によって大豆に含まれるたんぱく質が分解され、アミノ酸が増えることで味噌独特の旨みとなります。また、蔵や樽にすむ（仕込み際に加えることも）酵母や乳酸菌が作用し、味噌の味と香りを高めてくれます。

味噌はとても種類が多く、醤油のように明確な基準はありませんが、麹の種類、味、色などによって分類することができます。

味噌は全国各地でさまざまな種類がつくられていますが、気候風土や原料の手に入りやすさなどの地域特性が大きく関係しています。「米味噌」は全国的につくられており、産地は北海道、東北、関東、中部地方と主に東日本に多いです。西日本では米の割合が高く、食塩の少ない「白味噌」が好まれる傾向にあり、京都、香川、岡山、広島などで生産されています。

東海地方で多く生産されているのが「豆味噌」。高温多湿な気候により、米麹や麦麹の味噌の場合、大豆に含まれる脂肪酸が酸化して劣化が進んでしまうため、大豆に直接麹菌をまぶして塩をたっぷり使った豆麹をつくることで、酸敗を防ぐ製法が生まれたとか。

また、良質なハダカムギの産地であった九州全域、中国、四国では「麦味噌」が主につくられ、別名「田舎味噌」とも呼ばれています。

その土地の歴史との結びつきも強く、戦国時代には貴重なたんぱく源で保存が効く味噌は陣中食として重宝されていました。戦国時代に活躍した武将の元では味噌づくりが奨励され、今でも地域に残っています。例えば、伊達政宗がつくらせた「仙台味噌」、徳川家康が好んだ愛知の「八丁味噌」、武田信玄が基盤をつくったとされる「信州味噌」など。そして、東海地方の味噌カツや味噌煮込みうどん、山梨県のほうとうなど、各地のご当地味噌をベースにした郷土料理が生まれました。

みそ汁や料理に使う調味料としての味噌に対して、そのままおかずとして食べる「なめ味噌」というジャンルがあり、代表的なものに「金山寺味噌」「そてつ味噌」などがあります。

また、海外にも「豆板醤（トウバンジャン）」や「甜麺醤（テンメンジャン）」「コチュジャン」など、日本の味噌に似た調味料があります。