納豆菌は芽胞（がほう）と呼ばれる殻（胞子）をつくるのが特徴です。芽胞のおかげで乾燥や熱にとても強く、天日干しをしても真空状態でも生き残り、マイナス100℃〜100℃の環境にも耐え続けることができます。たとえ、pHが低い酸性条件でも耐えることができます。

このように菌のなかで最強ともいえる納豆菌は時に嫌われることも。酒蔵や味噌・醤油蔵、パン工房など、麹菌や酵母などほかの菌を扱う現場では、納豆菌を持ち込まないために納豆を食べてはいけないといいます。

納豆菌は胃酸に負けることなく、生きたまま腸内にたどり着き、もともといる善玉菌を活性化させ、悪玉菌を抑制して腸内環境を改善してくれます。また、大豆に納豆菌を加えて発酵させる過程で「ナットウキナーゼ」というたんぱく質分解酵素を生成しますが、ナットウキナーゼは血栓を溶かして、血液をサラサラにするはたらきがあります。さらに納豆菌は骨の形成促進に深く関わる「ビタミンK₂」を多く生み出します。